Programy hodowlane kukurydzy koncentrują się na otrzymaniu odmian mieszańcowych wykazujących jak najwyższy efekt heterozji. Wielu badaczy przypisuje zależność tego efektu od dystansu genetycznego form wyjściowych przy uwzględnieniu ich pochodzenia. Uważa się, że im mniej podobne genetycznie do siebie są linie wyjściowe, tym większy efekt heterozji generują ich mieszańce F ₁ . Narzędziem umożliwiającym grupowanie linii wsobnych oraz wyznaczanie dystansu genetycznego między nimi są markery molekularne. Materiałem roślinnym użytym do badań były 94 linie wsobne kukurydzy z Hodowli Roślin Smolice Spółka z o.o. oraz w Małopolskiej Hodowli Roślin. W wyniku przeprowadzonych badań wykazano użyteczność markerów molekularnych SSR do podziału genotypów grupy podobieństwa oraz do wyznaczania dystansu genetycznego między liniami wsobnymi kukurydzy. Dystans genetyczny wyznaczony w oparciu o markery molekularne mieścił się w zakresie od 48% do 97%. Dystans między liniami wsobnymi kukurydzy ustalony na podstawie wielkości analizowanych cech struktury plonu wahał się w zakresie od 86% do 99%.